Gerçek Zamanlı PCR kalitatif ve kantitatif sonuç veren ve çok yaygın olarak kullanılan bir PCR metodudur. Son ürün analizine dayanan Klasik PCR'ın aksine bu sistemler reaksiyonun gerçekleştiği zamanla eş zamanda reaksiyonu görüntüler. Bu gibi sistemlerdeki PCR reaksiyonunda, ardı ardına gerçekleşen döngülerde üretilen PCR ürününün miktarı, florasan sinyalinin yayılması ile orantılıdır. Her bir reaksiyon döngüsünde ortaya çıkan PCR ürününün miktarı ile orantılı olarak bu sinyal artar. Her bir döngüde florasan sinyal miktarı kayıt edilir ve logaritmik faz boyunca PCR reaksiyonu görüntülenir.