DNA mikroarrayleri aynı anda binlerce gen ve bunlara ait ifade seviyelerinin kantitatif analizlerine olanak sağlamaktadır. Affymetrix GeneChip Mikroarray deneyleri çeşitli organizmalardan elde edilen farklı dokulardaki gen ifade düzeylerini, gen kopya sayılarını ve SNP'leri tayin etme amacıyla kullanılır. Gen ifade düzeyi çalışmalarında temel kural, total RNA popülasyonundaki her mRNA molekülü için bu moleküle eşlenik olan tek iplikli işaretlenmiş bir cDNA hazırlamaktır. Problar, genellikle işaretli nükleotidlerin varlığında mRNA'nın tek iplikli cDNA'ya ters transkripsiyonu ile üretilir. Elde edilen cDNA'ların hücre dışında in vitro transkripsiyonu sağlanarak ve biotin ile işaretlenerek çip yüzeyine uygulanır.