MERKEZ LABORATUVARI


DNA Dizi Analiz Cihazı

Cihaz: ABI 310

ABI 310, kapiler elektroforeze dayalı DNA analizi cihazıdır. Bu cihaz, jel dökme ve örnek yükleme işlemlerini otomatikleştirmektedir. Florasan rengi algılama sistemi ile dizi analizi ve DNA parça analizi işlemleri oldukça kolaylaşmıştır.

61 cm'lik silis (silica) kapiler ile 650 baza kadar DNA dizisi okunabilir ve günde 10 örnek incelenebilir. 45 cm'lik kapiler ile 450-500 baza kadar DNA dizisi okunabilir ve 61 cm'lik kapilere göre işlem süresi örnek başına yaklaşık 1 saat kısalmaktadır.

Florasan Boya İşaretleme Stratejisi

DNA dizileme işlemi BigDye Dideoxy Terminators sistemi kullanılarak yapılır.

DNA parça analizi (mikrosatelit ve AFLP) için 5' floresan işaretli primerler kullanılmalıdır.

Çoklu Renk Algılama

ABI 310 Genetik Analiz Cihazı aynı kapilerin içinde 5 farklı florasan rengi aynı anda algılayabilir. Bu özelliği nedeniyle dizi analiz reaksiyonu tek bir reaksiyon tüpünde gereçekleştirilir. Genotip belirlemede çoklu renk algılama sistemi değişik renklerle işaretlenmiş çeşitli büyüklüklerdeki birden fazla PCR ürününü aynı anda inceleme imkanı sağlar. Kapilere yüklenen her bir örneğin hazırlanması esnasında içine eklenen florasan işaretli size standardı, PCR ürünlerinin uzunluklarını belirleme işleminin sonuçlarının tutarlı olmasını sağlamaktadır.

Örnek Özellikleri

Verilerin kalitesi dizi analizi için gerçekleştirilen reaksiyon için kullanılan DNA'nın miktarı ve saflığı ile ilişkilidir. Örneklerin teslim edilmesi ile ilgili detayları için lütfen aşağıdaki açıklamaları okuyunuz.

ABI 310 DNA ANALİZ CİHAZI İÇİN ANALİZ TALEBİNDE BULUNACAKLARA YÖNELİK ÖNEMLİ AÇIKLAMALAR

DNA sekans analizi ve/veya DNA parça analizi (Mikrosatelit yada AFLP) siparişi verecek kişiler öncelikle aşağıdaki açıklamaları dikkatle okumalıdır.

Dizi Analizi

  • Dizi analizi yapılması için DNA örneği veya dizilenecek bölgenin PCR ürünü temin edilmelidir.
  • DNA örneği en az 100 ng/ml konsantrasyonunda ve 20 ml hacimde olmalıdır. DNA örneğinden 2 ml agaroz jelde koşturularak resmi çekilmeli ve resim örnekle beraber teslim edilmelidir.
  • PCR ürünü 25 ml (saflaştırılmışsa) - 50 ml (saflaştırılmamışsa) olmalıdır. PCR ürününün konsantrasyonu 80- 100 ng/ml olmalıdır. Agaroz jelde DNA büyüklük markörü ile birlikte 3 ml PCR örneği koşturularak resmi çekilmeli ve resim örnekle beraber teslim edilmelidir.
  • Dizi analizi yapılacak DNA bölgesine özel primerler en az 10 mM ve 10 ml temin edilmelidir. Sekans sırasında kullanılması gerekli "iç primerler" varsa onlar da aynı şekilde temin edilmelidir.
  • PCR ürünlerinin saflaştırılması gereklidir. Analiz talebinde bulunan kişi Qiagen veya Q-Biogene kitleri ile saflaştırmayı kendi yapabilir. PCR ürünü saflaştırmadan geldiği takdirde saflaştırma ek ücret karşılığında tarafımızdan yapılır.
  • Dizi analizi yapılmak üzere örneğin DNA'sı temin edilmişse ek olarak PCR ücreti de alınır.
  • Eğer DNA örnekleri konsantrasyonu ayarlanmadan, agaroz jelde kontrol edilip resim çekilmeden teslim edildiyse bu işlemler için ek ücret alınır.
  • Dizi analizi yapılacak bölgenin uzunluğu belirtilmelidir. 500 bp'den uzun bölgelerde sonuç alabilmek için sekans PCR'ı işlemi sırasında "iç primerler" de kullanılmalıdır.

Mikrosatelit ve AFLP Analizi

  • PCR işlemi 5'- FAM, TET yada HEX florasan işaretli primerler kullanılarak yapılmalıdır.
  • PCR ürünlerinden 5'er µl agaroz jelde uygun büyüklükte bantları olan DNA ladder ile kontrol edilmeli ve resmi çekilmelidir. Resim mutlaka analiz talebi sırasında getirilmelidir.